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结晶果糖在食品体系中具有如下的功能特性，在食品加工中得到广泛应用：
高甜度，甜度是蔗糖的1.3-1.8倍
甜味强化
低水活性
高渗透压
快速/强化成胶
风味强化
高保湿性强化Mallard反应
降低凝冻温度
饮料
由于果糖甜度高，热能低，健康饮品常使用果糖来降低甜味剂如葡萄糖、蔗糖以及阿斯巴甜混合使用具有甜味强化的效果，从而能够降低甜味剂的原料成本。实验表明将果糖与蔗糖以1：1比例混合添加在饮料中可比单纯用蔗糖减少20%的甜味剂用量。
冷冻食品
果糖降低食品的凝冻温度，能够使冷冻果汁等产品保持容易倾倒的状态，提高果汁饮料所得生产效率。在冷冻温度下果糖不容易形成结晶，因此用果糖替代蔗糖生产浓缩果汁可达到更高的固行物浓度。
冰晶不易被微波融化。有冰晶存在的冷冻食品经微波加热后容易出现受热不均的问题。使用结晶果糖能有效控制冰晶的形成，从而大大改善冷冻食品的加热特性和口感。
健康食品和运动食品
果糖对运动员来说是一个极好的能量来源。果糖不会引起血糖水平的急剧升高，在提供能量的同时有助于肌肉中糖原的消耗，对运动员耐力的提高及有好处。
糖尿病人食品
在保持相同甜度的情况下果糖的用量少，热量小，对糖尿病人有益。果糖是低血糖值的糖类，摄入果糖后血糖水平上升缓慢，需要的胰岛素比摄入其他糖类少，对2型糖尿病人很有好处。
其他食品
果糖在水果罐头、果冻、果酱、调味料和糖果等产品中对提高质量、降低热量和成本以及新产品开发都有很大帮助。
果糖产品在食品中的应用
果糖产品在食品领域起初是作为蔗糖的替代性产品出现的。由于果糖产品具有蔗糖不可比拟的性能优势，果糖产品在食品加工中的很多领域，逐渐完全或部分取代蔗糖。这种取代的目的不仅仅是解决甜度问题,更主要是改善制品性能，增进风味口感，提高产品档次。
1：冷冻食品 2：运动饮料，能量型饮料 3：清凉饮料
4：粉末罐装饮料，粉末饮料 5：低热量饮料 6：固体粉末食品
7：面包 8：蛋糕 9：糖渍食品 10：在乳制品中的应用
11：营养酒 12：糖尿病人食品，老年人食品，病人营养食品
结晶果糖在医药领域的应用
在医药领域里应用的果糖都是结晶果糖，而不能使用果葡糖浆。因为果葡糖浆中的葡萄糖成分会严重干扰果糖的药用效果。例如，糖尿病人服用结晶果糖后的升糖指数仅20左右，而服用F-55的果葡糖浆升糖指数会达到50－60，几乎达到服用蔗糖的升糖指数。
三）结晶果糖与果葡糖浆的区别
果糖产品现在有果葡糖浆，结晶果糖两种形式。虽然它们都具有果糖的特性，在具体应用中仍有诸多不同之处。
1）结晶果糖就可以迅速溶解分散
2）结晶果糖容易运输存储
3）结晶果糖才是纯的，真正的果糖。
